早在中国古代，阴阳五行就被应用在中医学中，根据阴阳五行与中医阴阳学的关系，在批八字算命过程中可根据生辰八字以及阴阳五行等内容看命主一生的疾病。

在中国传统的医学观念中，健康和疾病，跟个人的体质是紧密联系在一起的。因此，在很早的时候，我们的先人就注意到个体的内在差异性，并且认为，这种差异性是人体健康和疾病的内在条件。当然，这种差异性是历史形成的。有先天遗传的禀赋，更有地理环境的因素。我们知道《内经》中《灵枢?阴阳二十五人》，就是对不同地域、不同的水土性质、气候类型、生活条件长期影响下形成的人的体质类型的归类和描写。由于中医学强调内因在发病学上的主导地位，也就是说，疾病的发生，是以人体内部阴阳矛盾的倾向性，亦即体质的特殊性为主要依据的，因此，个体体质的强弱决定着“外邪”(致病因素）能否侵人，而具体的个体体质条件，又进一步决定着发病的类型。这就为传统命理学关于疾病的推测提供了基本的理论前提。

诚然，阴阳五行学说是传统中医学和传统命理学共同遵循的思维模式和推理工具，因此，在大的理论框架上，比如，人体的脏腑功能与阴阳五行生克关系的对应，命理学跟中医学是一致的。但是，命理学要对健康和疾病作出自己的描写和推测，还要进一步对生理和病理信息作出干支符号的编码。在萧吉的《五行大义》就有这方面的尝试：

其配人身：甲乙为头，丙丁为胸胁，戌己为心腹，庚辛为股，壬癸为手足；则子为头，丑、亥为胸臂，寅戌为手，卯商为腰胁，辰申为尻肱，巳未为胫，午为足。此皆初为手，末为足。

配五藏也：干以甲乙为肝，丙丁为心，戊己为脾，庚辛为肺，壬癸为肾也。支以寅卯为肝，巳午为心，辰戌丑未为脾，申酉为肺，亥子为肾。此皆从五行配之。

又干以甲乙为皮毛，丙丁为爪筋，戊己为肉，庚辛为骨，壬癸为血脉也。支以寅卯为皮毛，巳午为爪筋，辰戌丑未为肉，申百为骨，玄子为血脉也。木生在地，故为皮毛；火有猛毅,故为爪筋；土有持栽，故为肉；金性坚刚，故为骨；水本流润，故是为血脉。

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